要前往六之岛，首先需要完成火箭队基地的剧情并获取关键道具。在彩虹市的游戏厅内，调查海报可以发现隐藏开关，进入火箭队基地的B1层。基地内部是一个多层迷宫，需要通过传送带和电梯钥匙才能深入。在B2层按照特定路线（上、左、右、下）探索，击败火箭队成员后取得电梯钥匙，随后乘坐电梯前往B4层击败坂木。完成这一系列任务后，火箭队基地的剧情告一段落，为后续前往六之岛奠定基础。
从火箭队基地脱身后，需返回第五个岛屿的回忆之塔触发后续剧情。乘坐船只抵达第六个岛屿，从右侧冲浪至遗迹山谷，穿过绿色小径和森林区域。在森林尽头会看到一个洞穴，暂时无法进入，需返回六之岛下方使用一字斩打开另一处洞穴门。洞穴内部是一个小型迷宫，按照上、左、右、下的顺序行进可找到蓝宝石，但会被火箭队抢走，同时获得另一段密码。
拿到密码后返回第五个岛屿的火箭队仓库，输入密码进入内部。击败仓库内的火箭队成员并夺回蓝宝石，将其带回第一个岛屿交给NPC，即可解锁两个地区的通讯功能。六之岛的通行条件已完全满足，可乘船前往最后一个岛屿。该岛屿的洞穴内需推动石头解开谜题，完成后可捕捉未知图腾，并最终返回水蓝市收服超梦，标志着六之岛探索的结束。
整个流程中需注意宝可梦队伍的属性搭配，尤其在火箭队基地和六之岛洞穴中，敌方成员多使用毒系和格斗系宝可梦。建议携带超能力系或飞行系宝可梦应对。迷宫探索时需留意道具位置，如一字斩秘传技能机是推进剧情的必需品。若在六之岛遇到NPC阻挡，需确认是否已完成前置剧情，例如击败火箭队仓库成员或取得蓝宝石。
六之岛的地形复杂，建议提前存档避免迷路。部分区域需使用冲浪术和一字斩技能，确保队伍中有掌握这些技能的宝可梦。与火箭队成员的对战是剧情关键，胜利后务必检查对话内容，避免遗漏密码或任务提示。完成六之岛全部任务后，可解锁更多后续剧情和隐藏要素。
