合理的阵容搭配是通关的关键。二周目的敌方训练家等级会显著提升，阵容也更加多样化，因此需要构建一个属性平衡且技能互补的队伍。属性平衡是指队伍中尽可能涵盖多种属性，避免被特定属性克制；技能互补则要求每只口袋妖怪专注于自身擅长的领域，如物理输出、特殊输出或辅助功能。队伍中最好包含能够应对突发情况的万能型角色，比如具备高速或多种属性攻击的精灵。
构建二周目阵容时，坦克型口袋妖怪是必不可少的。这类精灵拥有高生命值和防御力，能够吸引并承受大量伤害，为队伍争取攻击机会。例如大钢蛇和宝石海星，它们在防御和特防方面表现突出，可以有效抵挡敌方的强力攻击。输出型口袋妖怪则分为物理输出和特殊输出两类，火暴兽和电击兽是物理输出的优秀选择，而妙蛙花和水箭龟则擅长特殊输出。辅助型口袋妖怪如蝴蝶精和乌鸦头头，能够通过睡眠、麻痹等技能干扰对手，或通过提升队友属性来改变战局。
特攻型阵容在二周目中也有不错的表现，这类阵容以高速度和高特攻为主要特点。海皇牙和胡地是特攻型阵容的核心，它们能够学习多样化的特攻技能，如冰冻光束和精神冲击，对特定属性的敌人造成致命打击。电击兽和狩猎鹰王则提供了额外的速度和控场能力，确保队伍在战斗中占据先机。需特攻型阵容对技能搭配的要求较高，需提前规划好每只精灵的技能组合，以覆盖更多属性克制关系。
防御型阵容适合偏好稳定作战的玩家，这类阵容依赖高防御和恢复能力来消耗对手。巨岩蛇和班基拉斯是防御型阵容的代表，它们对物理攻击有极强的抵抗能力，同时能通过反击技能对敌人造成伤害。拉普拉斯和袋兽则提供了额外的HP和防御支持，确保队伍在持久战中不落下风。防御型阵容的缺点是输出能力较弱，因此需要搭配一些具备高攻击力的精灵来弥补这一不足。
这类阵容通常围绕特定属性或技能构建，比如以龙属性为核心的暴鲤龙和快龙组合，或者以超能力属性为主的超梦和梦幻组合。特殊战术型阵容的优势在于能够针对特定敌人制定策略，但灵活性较低，遇到属性克制的对手时可能会陷入被动。建议在二周目后期再尝试这类阵容，前期仍以均衡型或特攻型阵容为主。
