组建火影忍者忍者大师最佳阵容的核心在于充分激活忍者间的羁绊关系。游戏中的忍者分为木叶、晓和群雄三大阵营，同阵营忍者搭配更容易触发羁绊加成。例如木叶阵营的纲手、大蛇丸和自来也同时上阵可激活木叶三忍羁绊，为三人提供20%生命值和攻击力提升。羁绊系统是战力加成的关键，需优先选择能互相激活羁绊的忍者组合。
合理配置阵容的前中后排位置是实战中的重要策略。前排通常放置防御型忍者如宇智波鼬（须佐能乎形态），中排适合辅助型角色如春野樱（百豪形态），后排则安排高输出忍者如漩涡鸣人（九尾查克拉形态）。这种布局能保证攻防平衡，同时确保核心输出位的生存能力。需根据忍者技能特点调整站位，例如拥有群体控制技能的忍者应优先置于前排。
初期应重点培养易获取的基础忍者如鸣人、小樱等，待阵容稳定后再转向高强度限定忍者。培养过程中要均衡提升忍者等级、技能和装备，避免资源过度集中。觉醒任务优先完成主人公和12资质忍者，14资质忍者后期再重点突破。装备强化需同步进行，品质6的蓝色装备在前期性价比最高。
积极参与叛忍任务可获得高级奖励，组织BOSS战则能获取丰厚资源。通过组织祈愿系统可与成员交换装备碎片，加速关键装备的收集进度。每周固定时间参与要塞争夺战能稳定获得金币收益，这些资源对阵容强化至关重要。加入活跃组织还能解锁更多羁绊组合的可能性。
实战中需根据对手阵容灵活调整策略。PVE模式侧重持续输出和生存能力，PVP模式则强调控制链和爆发伤害。面对控制型阵容时可加入解控忍者，遭遇高爆发队伍时需增强防御和辅助。观察敌方阵容的属性和技能特点，针对性调整己方忍者的站位和技能释放顺序，这种动态调整能力是成为高阶玩家的关键。
